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（备注：宝可梦 红宝石/蓝宝石 与 绿宝石 内容相似，攻略可以相互参考）
剧情简介
宝可梦 红宝石／蓝宝石
因父亲在丰缘地区任职道馆馆主而从城都地区搬来的主角，在未白镇与宝可梦博士小田卷的子女一同踏上了旅行。途中遇到了想要扩大陆地的熔岩队R／想要扩大海洋的海洋队S，与阻止他们的海洋队R／熔岩队S，主角在与邪恶组织周旋的过程中，邪恶组织的老大利用朱红色宝珠R／靛蓝色宝珠S释放了固拉多R／盖欧卡S，给世界带来了可怕的天气灾害。主角能否力挽狂澜，平息传说的宝可梦所带来的灾难，并称霸彩悠市的宝可梦联盟，成为新一代的冠军呢？
宝可梦 绿宝石
因父亲在丰缘地区任职道馆馆主而从城都地区搬来的主角，在未白镇与宝可梦博士小田卷的孩子一同踏上了旅行。冒险途中，主角遇到了想要扩大海洋的海洋队和想要扩大陆地的熔岩队。熔岩队老大赤焰松用朱红色宝珠释放了固拉多，但却未能成功控制。为了控制固拉多并满足自己扩大陆地的野心，熔岩队尝试抢夺绿岭宇宙中心的火箭燃料，并利用它们让烟囱山喷发。然而一波未平，一波又起。在主角和大吾一同成功控制了绿岭宇宙中心的局面后，海洋队老大水梧桐在海底洞窟用靛蓝色宝珠唤醒了盖欧卡。固拉多和盖欧卡的争斗引起了丰缘地区东部海洋天气陷入异常，时而烈焰当空，时而狂风暴雨。
为了平息固拉多和盖欧卡的争斗，主角需要前往天空之柱唤醒烈空坐并寻求它的帮助。主角能否力挽狂澜，平息超古代宝可梦所带来的灾难，并到达彩悠市的宝可梦联盟，成为新一代的冠军呢？
游戏区别
新系统
全国图鉴不需要通信即可获得。
由于源代码使用《火红／叶绿》修改，因此游戏的绘图和建筑与《红宝石／蓝宝石》有些许差异。
《绿宝石》包含《火红／叶绿》的所有道具数据，以防止出现《红宝石／蓝宝石》因无《火红／叶绿》新增道具而引发崩溃的问题。
增加同《火红／叶绿》一样的无线联机功能，以及无线联机游戏的游戏角。
所有的宝可梦都有了动画。
可以与所有道馆馆主再战，且可以进行双打对战。
新剧情
原作中由豪力帮助玩家搬家的情节修改为过动猿帮助玩家搬家。
然而由于游戏漏洞的存在，与过动猿对话时出现的音效仍是豪力的叫声。
熔岩队与海洋队都变为了邪恶组织，海洋队的主基地还在《蓝宝石》的原址，而熔岩队则搬到了凹凸山道。还增加了绿岭宇宙中心的剧情。
游戏中局至终局剧情几乎完全修改，部分地点也随着剧情进行了修改，增加了许多剧情，如：固拉多与盖欧卡对决，以及烈空坐制止灾难的剧情，并且首次出现了过场动画。
固拉多与盖欧卡的捕获地点变为陆之窟和海之窟，等级提升，并且在登入名人堂后出现。
原本在登入名人堂后才能遇到的烈空坐变为了剧情必须遇到。
在完成丰缘图鉴后，可以从小田卷博士处获得菊草叶、火球鼠、小锯鳄其中的一只。
前宝可梦联盟冠军大吾在主角成为新一届冠军后出现在流星瀑布深处，主角可以挑战一次。
设计变化
背包道具上限提高。
道馆机关重新设计。部分地点场景改变了配色。如：流星瀑布。
将前作的对战塔扩大为新的对战开拓区。
除了水静市的华丽大赛会场，绿茵镇、凯那市和秋叶镇的会场都被对战帐篷取代。
新增加与《火红／叶绿》一致的肚脐岩、诞生之岛，以及本作限定的边境的小岛三个地点，这三个地点都是用来捕获传说的宝可梦的地点。
传说的巨人的捕捉谜题变化，但是捕捉地点不变。
觉醒神殿不再是捕捉传说的宝可梦的地点，而是一个只能随剧情进入一次的地方。
由于剧情缘故天空之柱首次进入时被简化，但是第二次进入的难度与《红宝石／蓝宝石》一致。
１１１号道路上的化石被放进了幻影之塔，仍然为二选一，但是另一块会在沙漠的地下道出现。
在各地游走的无限宝可梦变为随玩家选择的喜爱颜色决定，另一只则仍然位于南方孤岛。
在得到全国图鉴后，可以前往扩大区域面积的狩猎地带。
改变了小遥和小悠的衣着。
将宝可梦联盟冠军由大吾替换为前水属性道馆馆主米可利，冠军的房间的颜色将紫色变更为了蓝色，而水属性道馆馆主则替换为米可利的老师亚当。
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